醫院的汙水，除一般生活汙水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，必須經過 處理後才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的汙水，須經消毒後才可排放。無集中式的醫 院汙水處理設備，對有傳染性的糞便，必須單獨消毒使其無害化。常用消毒劑有漂白粉、液氯、 次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的汙水，應按同位素處理要求處理。醫院汙水在處理過程 中，沉澱的汙泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥後 方可用作肥料。 

    雲南醫院汙水處理不達標一直是危害環境的重要因素。經過有關部門長期調查研究顯現醫院 汙水處理不徹底主要有下列因素。

 1.分類廢水所使用藥劑為了減低成本都是有很強針對性。從而造成各分類廢水處理良好，綜合 水還是處理不達標。

2.為水質清澈和降低成本使用大量石灰。但是卻產生大量汙泥，往往廢水處理成本中30%-- -40%是處理汙泥所產生。

 3.來水PH值變化大，反應池PH控製不穩定。PH不穩定造成沉澱池渾濁。出水水質也跟著不 穩定，時好時壞。 

4.水處理人員責任心不強，操作不夠細心，不注重細節。比如：來水有問題，不及時停機進行 應急處理。各種儀表、探頭不經常校正清洗。配製藥品濃度不按工藝要求配製，為了省事，私自 把濃度提高。

 5.表麵處理行業的產品進行表麵處理前，必須先經過大量的前處理，這其中使用的除油粉裏含 有乳化劑，而大量的乳化劑不但影響COD的含量，而且影響沉澱池的礬花絮凝，成泥不理想，致 使沉澱不好，大量懸浮物跟隨上層清水流出沉澱池，在PH回調的時候重新溶解進水裏，結果造成 排放口重金屬離子超標。